Akademik Veri Yönetim Sistemi
Çalışkan N. (Yürütücü), Şahin N., Saygın H.
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje, BAP Diğer, 2026 - 2027
| Aktinobakteriler antimikrobiyaller başta olmak üzere antikanser ajanlar, immünosupresan bileşikler, antioksidan bileşikler ve çeşitli endüstriyel enzimler gibi çok sayıda biyolojik aktif doğal ürünün en önemli kaynaklarındandır. Ancak geleneksel habitatlardan elde edilen izolatlarda yeni bileşik keşif oranlarının azalması ve tekrar izolasyonlarının artması, araştırmaları özgün ve araştırılmamış çevresel nişlere yönlendirmiştir. Arkeolojik kazı alanları, uzun süreli çevresel stabilite, düşük besin düzeyi, mineral zenginliği ve sınırlı modern insan aktivitesi gibi özellikleri nedeniyle yeni mikrobiyal çeşitlilik ve biyoteknolojik potansiyel açısından dikkat çekici habitatlardır. Bu proje, önceki doktora çalışması kapsamında Bitlis-Ahlat Selçuklu Mezarlığı, Arslantepe Höyüğü, Tell Tayinat Höyük, Karkamış Antik Kenti ve Doliche Antik Kenti arkeolojik kazı alanlarından izole edilen özgün aktinobakteri koleksiyonuna dayanmaktadır. Söz konusu çalışmada toplam 129 izolatın 16S rRNA gen dizileri analiz edilerek taksonomik ön tanımlamaları yapılmıştır. Ayrıca mevcut bütçe olanakları doğrultusunda seçilen 20 izolatın tüm genom analizleri ve taksonomik çalışmaları tamamlanmış; bunun yanında antioksidan, antikanser ve antimikrobiyal aktiviteleri deneysel olarak değerlendirilmiştir. Elde edilen bulgular, bazı izolatların dikkat çekici düzeyde biyolojik aktivite sergilediğini ortaya koymuş ve arkeolojik kazı alanı kökenli aktinobakterilerin yeni biyoaktif doğal ürünler açısından önemli bir mikrobiyal kaynak olabileceğini göstermiştir. Bununla birlikte, mevcut kaynak kısıtları nedeniyle koleksiyonda yer alan çok sayıda umut verici izolatın genom düzeyinde karakterizasyonu henüz tamamlanamamıştır. Bu proje kapsamında 16S rRNA analizi ile potansiyel yeni tür olduğu belirlenen bu umut verici aktinobakteri izolatlarının tüm genom dizilemeleri gerçekleştirilmesi amaçlanmaktadır. Elde edilen genom verileri kullanılarak izolatların tür düzeyindeki konumları Ortalama Nükleotid Benzerliği (ANI), dijital DNA-DNA hibridizasyonu (dDDH) ve filogenomik yaklaşımlarla değerlendirilecektir. Ayrıca antiSMASH ile sekonder metabolit biyosentetik gen kümeleri, ARTS ile direnç ve hedef ilişkili gen yapıları incelenecek; böylece izolatların biyoteknolojik potansiyeleri ortaya koyulacaktır. Proje sonunda potansiyel yeni türlerin belirlenmesi, biyoaktif metabolit üretme kapasitesi yüksek suşların ortaya çıkarılması, arkeolojik habitatların mikrobiyal biyoçeşitliliğine ilişkin yeni verilerin elde edilmesi ve uluslararası düzeyde bilimsel yayınlara altyapı oluşturulması beklenmektedir. Proje, biyoteknoloji ve doğal ürün araştırmaları alanında ulusal stratejik hedeflerle uyumlu olup, mikrobiyal genetik kaynaklarımızın ortaya çıkarılması açısından da önem taşımaktadır. Mevcut ön verilere dayalı yapısı, hazır kültür koleksiyonu ve güçlü bilimsel çıktı potansiyeli nedeniyle proje uygulanabilirliği yüksek, yenilikçi ve sürdürülebilir bir araştırmadır. |