Enterobacterales İzolatlarında Kolistin Direncinin Fenotipik ve Genotipik Yöntemlerle Araştırılması
Tez Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ondokuz Mayıs Üniversitesi, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Türkiye
Tez Danışmanı: Yeliz Tanrıverdi Çaycı
Tezin Onay Tarihi: 2024
Tezin Dili: Türkçe
Desteklendiği Program: Diğer
Özet:
Bu çalışmada, dirençli Enterobacterales izolatlarında son çare olarak
kullanılan kolistin antibiyotiğinin duyarlılığının yeni geliştirilen testler
hızlı polimiksin bromkrezol, resazurin bazlı kolistin sıvı disk elüsyon (KSDE)
ve nitrat redüktaz bazlı KSDE testleri ile belirlenmesi ve kolistin dirençli
izolatlarda plazmid aracılı kolistin direnç genleri mcr-1, mcr-2, mcr-3, mcr-4 ve mcr-5’in varlığının araştırılması
amaçlanmıştır. Ondokuz Mayıs
Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarına rutin inceleme
için gönderilen çeşitli klinik örneklerden izole edilen ve rutin yöntemlerle tanımlama
ve antibiyotik duyarlılığı çalışılan çoklu ilaç dirençli (ÇİD) ve yaygın ilaç
dirençli (YİD) Enterobacterales izolatları arasından kolistin
duyarlılığı referans yöntem sıvı mikrodilüsyonla (SMD) ile belirlenmiş 140
kolistin dirençli ve 75 kolistin duyarlı Enterobacterales izolatı çalışmaya dahil edilmiştir. Bu izolatlarda
yeni geliştirilen testler hızlı polimiksin bromkrezol, resazurin bazlı KSDE ve
nitrat redüktaz bazlı KSDE testlerinin performansı değerlendirilmiş ve plazmid
aracılı kolistin direnç genleri mcr-1, mcr-2, mcr-3, mcr-4 ve mcr-5’in varlığı araştırılmıştır. Yeni geliştirilen
üç test ile kolistin duyarlılık sonuçları ortalama 4-6 saatte sonuçlandırılmıştır.
Hızlı polimiksin bromkrezol testinin sonuçları SMD ile karşılaştırıldığında; duyarlılığının
%99,3, özgüllüğünün %97, pozitif prediktif değerinin (PPD) %98,5 ve negatif
prediktif değerinin (NPD) %98,6 olduğu belirlenmiştir. Resazurin bazlı KSDE
testinin sonuçları SMD ile karşılaştırıldığında; duyarlılığının %86,4,
özgüllüğünün %100, pozitif prediktif değerinin %100 ve negatif prediktif
değerinin %80 olduğu belirlenmiştir. Nitrat redüktaz bazlı KSDE testinin
sonuçları SMD ile karşılaştırıldığında ise; duyarlılığının %82,1, özgüllüğünün
%100, pozitif prediktif değerinin %100 ve negatif prediktif değerinin %75
olduğu belirlenmiştir. Kolistin direncinin moleküler olarak araştırıldığı
polimeraz zincir reaksiyonu sonuçları değerlendirildiğinde Enterobacterales izolatlarının hiçbirinde plazmid
aracılı kolistin direnç genleri saptanamamıştır. Sonuç olarak, ÇİD ve YİD Enterobacterales izolatlarında referans yöntem
SMD’den yaklaşık 12-14 saat daha erken sonuç veren hızlı kolistin
duyarlılık testlerinin yüksek duyarlılık, özgüllük, PPD ve NPD oranları
verdiği ve bu testlerin SMD testine bir alternatif olabileceği görülmüştür.
Ayrıca kolistin direncinin hızlı yayılmasından sorumlu mcr genlerinin
izolatlarımızda tespit edilmemiş olması da sevindiricidir.