Aridanin'in Potansiyel Bir Antikanser ve Antibakteriyel Ajan Olarak İn Siliko Tahmini

CHI G. F., Başar Y., Chongong M. A., Yenigun S., Kuete V., demirtas i.

Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Tarım ve Doğa Dergisi, cilt.29, sa.2, ss.265-284, 2026 (ESCI, TRDizin)

Özet

Tetrapleura tetraptera'dan izole edilen Aridanin, 3-O-[β-D-glucopyranosyl-(2’-acetamido)]-3β-olean-12-en-28-oik asit, özellikle dirençli kanserlere karşı antikanser ilacı olarak kullanım için iyi potansiyellere sahip olduğu bildirilmiştir. Aridanin/doksorubisin ve kanser kemoterapisinde yer alan 6 enzim ve antibakteriyel 3 enzimin bağlanma modlarını değerlendirmek için bir in siliko çalışması yürütülmüştür. Ayrıca, olası biyoaktiviteleri ve farmakokinetik özellikleri hakkında tahminler yapılmıştır. Aridanin/doksorubisin enzim etkileşimleri, antikanser aktivitesini açıklamak için moleküler yerleştirme ve moleküler dinamik simülasyonları kullanılarak belirlenmiştir. Molekülün biyoaktivite, farmakokinetik özellikleri ve biyoyararlanım puanlarının tahminleri PASS, SwissADME ve pKCSM kullanılarak hesaplanmıştır. Sonuçlar, standart ilacınkine benzer MolDock puanları ve nispeten daha yüksek bağlanma enerjileriyle önceki deneysel verileri doğrulamıştır. Buna göre, aridanin teorik olarak doksorubisinden daha iyi bir çalışılan enzim inhibitörüdür. En yüksek inhibisyon topoizomeraz II alfa, DNA metiltransferaz ve DD-peptidaz için sırasıyla -9,9, -9,2 ve -10,9 kcal/mol bağlanma enerjileri olarak kaydedildi. Bu, aridaninin antikanser özelliğinin daha çok DNA ile ilişkili proteinlere müdahale yoluyla olabileceğini düşündürmektedir. Ek olarak, ADMET/PASS aridaninin toksik olmadığını, 0,56'lık iyi bir biyoyararlanım puanına sahip olduğunu ve birkaç farklı biyoaktivite gösterebileceğini öngörmüştür. Sonuç olarak, aridanin klinik çalışmalar için dikkate alınması gereken dirençli kanserlere ve bakterilere karşı güçlü bir kemoterapötik ajandır.
Aridanin, 3-O-[β-D-glucopyranosyl-(2’-acetamido)]-3β-olean-12-en-28-oic acid, isolated from Tetrapleura tetraptera, is reported to have good potential for use as an anticancer drug, especially against resistant cancers. In an in-silico study, the binding modes of aridanin/doxorubicin and 6 enzymes involved in cancer chemotherapy, as well as 3 antibacterial enzymes, were investigated. Also, predictions on its possible bioactivities and pharmacokinetic properties were made. Aridanin/doxorubicin enzyme interactions were determined using molecular docking and molecular dynamics simulations to attempt an explanation for its anticancer activity. Predictions of bioactivity, pharmacokinetic properties, and bioavailability scores of the molecule were calculated using PASS, SwissADME, and pKCSM. The results corroborated previous experimental data, with MolDock scores comparable to those of the standard drug and relatively higher binding energies. Accordingly, aridanin theoretically is a better inhibitor of the studied enzymes than doxorubicin. The highest inhibition recorded binding energies of -9.9, -9.2, and -10.9 kcal/mol for topoisomerase II alpha, DNA methyltransferase, and DD-peptidase, respectively. This suggests that aridanin’s anticancer property may be more through interference with DNA-related proteins. In addition, ADMET/PASS anticipated that aridanin is not toxic, has a good bioavailability score of 0.56, and may display several different bioactivities. Consequently, aridanin is a potent chemotherapeutic agent against resistant cancers and bacteria that should be considered for clinical studies.