The aim of the present study was to evaluate different PCR-based DNA fingerprinting techniques for typing Yersinia ruckeri isolates from the different geographic region of Turkey. Eighteen Y. ruckeri isolates obtained from rainbow trout were characterized by enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC)-PCR with ERIC2 primer, randomly amplified polymorphic (RAPD) DNA-PCR with P5, P6 and M13 primer and (GTG)5-PCR with (GTG)5 primer. It was determined that all the primers tested generated an appropriate pattern of amplified products suitable for accurate analysis. Based on the results of cluster analysis and discriminant function analysis, ERIC2 primer was found to be the most suitable primer for molecular typing of Y. ruckeri, followed by P5, P6, M13, and (GTG)5 primer. In conclusion, the ERIC-PCR DNA fingerprinting method can be considered as a powerful genotypic tool for epidemiological surveillance of Y. ruckeri.
Bu çalışmanın amacı, Türkiye'nin farklı coğrafi bölgelerinden elde edilmiş olan Yersinia ruckeri izolatlarınıntiplendirilmesinde farklı PCR tabanlı DNA fingerprinting metotlarını değerlendirmektir. Gökkuşağı alabalıklarından izoleedilmiş 18 Y. ruckeri izolatı ERIC2 primerinin kullanıldığı enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC)-PCRmetodu, P5, P6 ve M13 primerlerinin kullanıldığı randomly amplified polymorphic (RAPD) DNA-PCR metodu ve (GTG)5primerinin kullanıldığı (GTG)5-PCR metodu ile karakterize edildi. Test edilen tüm primerlerin doğru bir analiz içinkullanılabilir amplifikasyon ürünü oluşturduğu belirlendi. Kluster ve ayrım gücü analizi sonuçlarına göre, Y. ruckeri'ninmoleküler tiplendirmesi için en uygun primerin ERIC2 primeri olduğu, bunu P5, P6, M13 ve (GTG)5 primerinin takip ettiğibelirlendi. ERIC-PCR DNA fingerprinting metodunun Y. ruckeri’nin epidemiyolojik sürveyansının belirlenmesinde güçlü birgenotipik araç olarak düşünülebileceği sonucuna ulaşılmıştır.
