Türkiye'de rhizomania ile bulaşık toprak örneklerinde dayanıklılık kırıcı Beet necrotic yellow vein virus (BNYVV) varyantlarının serolojik, biyolojik ve moleküler yöntemlerle araştırılması
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ondokuz Mayıs Üniversitesi, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Bitki Koruma Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2019
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: HÜSEYİN UZUNBACAK
Danışman: Nazlı Dide Kutluk Yılmaz
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Beet necrotic yellow vein virus (BNYVV), tüm Dünya'da şeker pancarının ekonomik açıdan en önemli hastalıklarından biri olan rhizomania'ya neden olmaktadır. BNYVV plasmodiophorid vektör Polymyxa betae Keskin tarafından taşınmaktadır. Hastalığın kontrolü, dayanıklı pancar çeşitlerinin yetiştiriciliği ile olmaktadır. Bu çalışmada, 29 ilden alınan BNYVV ile bulaşık 233 toprak örneğinde BNYVV izolatlarının dayanıklılık kırma durumları araştırılmıştır. BNYVV'ye dayanıklı şeker pancarı çeşitleri (Rz1+Rz2 ve Rz1+C48+minör genler içeren) tuzak bitki testi tekniğine göre BNYVV ile bulaşık topraklarda yetiştirilmiş ve virüs enfeksiyonu hastalık simptomu ve DAS-ELISA testine göre değerlendirilmiştir. Testlenen toprak örneklerinden %51.9'u Rz1+Rz2 genlerini içeren, %18.9'u da Rz1+C48+minör genleri taşıyan şeker pancarı çeşitlerinin köklerinde enfeksiyon oluşturmuştur. Elde edilen sonuçlar, dayanıklılık kıran BNYVV izolatlarının, Türkiye'deki şeker pancarı üretim alanlarında oldukça yaygın olduğunu ortaya koymuştur. Bunun yanı sıra, Türkiye şeker pancarı üretim alanlarından elde edilen ve coğrafik orjinlerine göre seçilen, 14 adet dayanıklılık kıran (Rz1+Rz2 ve Rz1+C48+minör genler-dayanıklılığını kıran) ve beş adet dayanıklılık-kırmayan BNYVV izolatının p25 gen bölgesi RT-PCR ile çoğaltılmış ve kısmi nükleotit sekans verileri elde edilmiştir. Dayanıklılık kıran ve kırmayan BNYVV Türk izolatları arasındaki benzerlik, nükleotit ve amino asit düzeyinde sırasıyla, % 98-100 ve % 96-100 olarak saptanmıştır. Nükleotit dizilimi ve filogenetik analizler ise, Türk izolatlarının p25'inin I. Grupta yer aldığını göstermiştir. Ayrıca, patojenitede etkin olduğu bilinen, p25 proteininin 67-70. pozisyonlarındaki amino asit dizileri belirlenmiştir. Dayanıklılık kıran izolatlar, p25 kod bölgesinde yedi çeşit motif (ACHG, AHHG, VHHG, ASHG, AFHG, AYHG ve D-HG/-DHG) içerirken, dayanıklılık kırmayan izolatlar, ACHG, AHHG ve ALHG motiflerini içermiştir. Ayrıca, dayanıklılık kıran BNYVV izolatlarında RNA-5'in varlığı, p26 bölgesine spesifik primer kullanılarak RT-PCR ile araştırılmıştır. Testlenen örneklerin %70'inin RNA-5 segmentini içerdiği tespit edilmiştir. Çalışma sonuçları, Türkiye'deki BNYVV izolatlarının farklı genetik profile ve patojeniteye sahip olduğunu ve dayanıklılık kırılma durumunun ne 67.70. pozisyonlarda yer alan amino asit dizileri, ne de RNA-5'in bulunma durumu ile doğrudan ilişkili olmadığını ortaya koymuştur. İlave olarak, dayanıklılık kıran 10 BNYVV izolatı seçilmiş ve 11 farklı bitki türü kullanılarak konukçu reaksiyonu çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Konukçu reaksiyonu çalışmaları, BNYVV izolatları arasında oldukça fazla biyolojik değişkenlik olduğunu göstermiştir. Beş bitki türündeki pozitif reaksiyona göre, altı farklı BNYVV popülasyonu tespit edilmiştir. Bu popülasyonlardan biri, normalde BNYVV'nin mekanik inokulasyonu sonrası lokal lezyon oluşturduğu Chenopodium quinoa'da sistemik enfeksiyona neden olmuştur.