Fındık bitkisinde yaprak açım zamanıyla ilgili transkripsiyon faktörlerinin biyoinformatik araçlarla belirlenmesi

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ondokuz Mayıs Üniversitesi, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Tarımsal Biyoteknoloji Anabilim Dalı, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2018

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: Marat Imanzhanov

Danışman: Musa Kavas

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Transkripsiyon faktörleri genlerin transkripsiyonunu düzenlemek için DNA'daki belli bir diziye bağlanabilen proteinlerdir. bHLH, NAC, AP2, MYB ve WRKY transkripsiyon ailelerinin üyeleri, strese tepki ve gelişimin düzenlenmesi de dahil olmak üzere çeşitli biyolojik süreçlerde önemli roller üstlenmektedirler. Birçok ökaryotik canlı bu ailenin proteinlerini taşıyorsa da, AP2, bHLH, NAC, WRKY ve MYB aileinin üyelerinin biyolojik işlevleri her bitkide kapsamlı bir şekilde değerlendirilmemiştir. Bu tez çalışmasında, biyoinformatik araçlar ile AP2, bHLH, NAC, WRKY ve MYB genlerinin in silico analizleri yapılmıştır. Karşılaştırmalı ifade analizi için Palaz, Tombul ve Çakıldak genotipleri kullanılmıştır. In silico karşılaştırmalı genomik araçlar kullanarak 76 AP2, 62 bHLH, 53 NAC, 105 MYB ve 43 WRKY transkripsiyon faktörü ailesine ait protein kodlayan genler belirlenmiştir. In silico analizlerinden sonra filogenetik ağaçlar oluşturulmuştur ve 3D protein homolojisi görselleştirilmiştir. Son olarak AP2, bHLH, NAC, WRKY ve MYB ailesi genlerinin ekspresyon seviyeleri in silico ve qRT-PCR analizi ile değerlendirilmiştir.