Farklı ekosistem aktinobakteri izolatlarında yeni biyoaktif sekonder metabolitlerin araştırılması ve karakterizasyonu
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ondokuz Mayıs Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2018
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: NESLİHAN AKARSU
Danışman: Aslıhan Kurt Kızıldoğan
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Ekstrem koşullarda yaşayabilen aktinobakteriler farklı biyoaktif sekonder bileşikleri sentezleyebilmektedirler. Bu çalışmada, daha önce izole edilmiş Karadeniz dip sedimenti (Streptomyces klenkii S2704, Streptomyces ovatisporus S4702, Micromonospora yasonensis DS3186 ve Micromonospora profundi DS3010) ve Türkmenistan-Karakum Çölü (Micromonospora sp. KC721, KC708, KC207, KC723 ve Plantactinospora sp. KC601 ve KC705) suşlar PKSI/PKSII/NRPS gen bölgelerine özgü primerler kullanılarak PCR ile taranmıştır. Elde edilen nükleotid dizilerinin biyoinformatik analizleri yapılarak literatürdeki diğer dizilere benzerlik yüzdeleri belirlenmiştir. Suşlara ait N-Z-Amine kültürlerinin altı farklı (etil asetat, kloroform, dietil eter, benzen, n-butanol ve hekzan) çözücü ile özütlenmesinin ardından, özütlerin antimikrobiyal aktiviteleri agar disk difüzyon yöntemiyle belirlenmiştir. En iyi antimikrobiyal aktivite, S. ovatisporus S4702 etil asetat özütünde görülmüştür. S. ovatisporus S4702 etil asetat özütünün sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle Minimal İnhibitör Konsantrasyon (MIC) değerleri belirlenmiş, NMR ve LC-MS/MS analizleri gerçekleştirilmiştir. Bu özütün B. subtilis ATCC 6633, E. faecalis ATCC 29212, S. aureus ATCC 25923 ve M. luteus ATCC 9341 suşlarında yüksek ve orta seviyeli duyarlılığa neden olan MIC değerleri sırasıyla 8, 85, 53.3 ve 32 µg/mL bulunmuştur. Flash Kolon Kromatografisiyle saflaştırılan özütten dört bileşen (madde1, madde2, madde3 ve karışım) elde edilmiştir. Bu bileşenlerle yapılan MIC deneyleri herbirinin farklı seviyelerde antimikrobiyal aktiviteye sahip biyoaktif bileşikler içerdiklerini doğrulamaktadır. 1H NMR-13C NMR analizleri sonucunda, maddelerde yoğun aromatik ve alifatik gruplar tespit edilmiştir. NMR verileri, safsızlıklar nedeniyle yapılarının net olarak belirlenmesinin henüz mümkün olmadığını göstermektedir. Ancak, söz konusu maddelerin safsızlıklarının giderilmeyle, Gram-pozitif bakterilere karşı güçlü antimikrobiyal aktivite gösteren ve ekstrem koşullarda sentezlenen özgün bir mikrobiyal metabolit tanımlanmış olabilecektir. Aralık 2018, 155 sayfa Anahtar Kelimeler: Aktinobakteri, Sekonder metabolit, NRPS/PKSI/PKSII gen bölgeleri, Özütleme, Antimikrobiyal aktivite, NMR, LC-MS/MS