Şeker pancarında tepe kıvırcıklığı virüsünün moleküler karakterizasyonu ve vektörel klonlanması
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ondokuz Mayıs Üniversitesi, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2021
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: CANSU CAN
Danışman: Kubilay Yıldırım
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Tepe kıvırcığı hastalığı, dünyanın kurak ve yarı kurak bölgelerinde şeker pancarı (Beta vulgaris) üzerinde ciddi verim kayıplarına sebep olan, viral bir hastalıktır. Tepe kıvırcıklığı virüs türleri bugüne kadar genelde Curtovirus ve Becurtovirus cinslerinin altında sınıflandırılmıştır. Tepe kıvırcıklığı hastalığının, son yıllarda Türkiye'nin şeker pancarı üretiminde önemli verim kayıplarına neden olduğu da raporlanmıştır. Türkiye'de altmış yıl önce semptomatik olarak saptanmasına rağmen, Türk şeker pancarı tarlalarında bulunan tepe kıvırcıklığı virüs türlerinin veya varyantlarının moleküler karakterizasyonu daha önce araştırılmamıştır. Bu çalışmada, Türkiye'nin önemli şeker pancarı ekim alanları olan 14 Orta Anadolu kentinin tarım arazilerinde 628 enfekte şeker pancarı bitkisi toplanmıştır. Curtovirus ve Becurtovirus cinslerine özgü primerler ile PCR tarama testi yapılmıştır. PCR testi Türk şeker pancarı tepe kıvırcıklığı virüsü izolatlarının sadece Becurtovirus cinsine ait olduğunu göstermiştir. Filogenetik analiz ile birlikte kısmi ve tüm genom dizilemesinin sonuçları, 13 şehirden izole edilen Türk virüslerinin genomlarının, rapor edilen pancar tepe kıvırcıklığı İran virüsü (BCTIV) izolatlarına yüksek bir sekans özdeşliğine (> %98) sahip olduğunu ortaya koymuştur. Ayrıca, Yozgat şehrinden elde edilen bir Türk virüs genomu, daha önce İran'ın kuzey kesiminde börülce, domates, biber ve şeker pancarında bildirilen BCTIV izolatlarına > %97'lik genomik sekans özdeşliği göstermiştir. Bu çalışmada bir Agrobacterium plazmidinde Türk virüs izolatının tandem tekrarlanan dimeri de oluşturulmuştur. Şeker pancarı yapraklarının agroinokülasyonu, belirgin tepe kıvırcık semptomları olan bitkilerin %84'ünde etkili enfeksiyon olduğunu göstermiş, hastalık oluşumu PCR ve qPCR verileri ile teyit edilmiştir. Bu çalışma, Türk pancar tepe kıvırcıklığı virüs türlerinin tanımlandığı ve Becurtovirus türlerinin Ortadoğu bölgesinde yayılışını ortaya koyan ilk moleküler karakterizasyon çalışmasıdır. Virüsün küresel ısınmanın artmasıyla birlikte Türkiye ve Avrupa şeker pancarı tarlalarında daha fazla yayılması, şeker pancarı üretimi ve diğer tarımsal ürün yetiştiriciliği için ciddi bir tehdit oluşturacağı öngörülmektedir. Bu kapsamda çalışmadan elde edilen karakterizasyon verileri ile virüs klonu, dayanıklı şeker pancarı çeşitlerinin geliştirilmesi açısından son derece önemlidir.