Renal hücreli karsinomdaki muhtemel ceRNA'ların in siliko analizi ve ifade düzeylerinin incelenmesi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ondokuz Mayıs Üniversitesi, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2018
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: SERCAN ERGÜN
Danışman: Sezgin Güneş
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Amaç: İn siliko analiz kullanılarak Renal Hücreli Karsinom (RHK) patogenezinde rol alabileceği öngörülen potansiyel ceRNA aktivitesi gösterebilecek genlerin belirlenmesi amaçlandı. Daha sonra karşılaştırmalı olarak RHK'li hastalardan alınan tümör ve tümörün çevresindeki normal renal biyopsi örneklerinde bu genlerin ekspresyon düzeylerini incelemeyi ve klinik parametrelerle ilişkilendirmeyi hedefledik. Materyal ve Metot: İn siliko analiz sonucunda 3. kromozomda RHK'ye özgü delesyona uğrayan genlerden yola çıkarak dört muhtemel ceRNA (ATXN3, ABI2, GOLGB1 ve SMAD2) belirlendi. Ondokuz RHK'li hastanın tümör dokusu ile aynı hastanın tümör çevresindeki sağlıklı böbrek dokusunda bu genlerin ifade düzeyleri eş zamanlı PCR ile ölçüldü. Dört genin ifade düzeyi tümör ve çevresindeki normal böbrek dokusu arasında kıyaslandı ve sonra hastaların klinik parametreleriyle ilişkilendirildi. Bulgular: Çalışmamızın sonucunda, tümör dokularında normal böbrek dokularına göre ATXN3 ve GOLGB1 ifade düzeyleri yüksek, ABI2 ifade düzeyi ise düşük bulunmuştur (sırasıyla p=0,936, p=0,546, p=0,494). SMAD2 geninin tespit edilemeyecek kadar az ifade edildiği gözlemlendi. Hastaların ATXN3, ABI2 ve GOLGB1 gen ifade düzeyi değişimleri yaş, cinsiyet, tümör nod metastaz (TNM) evreleri ve Fuhrman grade parametreleri ile ilişkilendirildiğinde anlamlı bir ilişki bulunamadı. ATXN3 geninin direkt bilirubin, monosit eozinofil, bazofil, PCT ve LUC değerleri ile, ABI2 geninin sodyum, klor, glukoz, direk bilirubin, MCV, PLT, eozinofil, bazofil, PCT, PDW, LUC, % PT ve PLT/lenfosit oranı ile ve GOLGB1 geninin ise total bilirubin, direkt bilirubin, monosit eozinofil, bazofil, PCT ve LUC değerleri ile anlamlı derecede ilişkili olduğu belirlendi. Sonuç: İn siliko ceRNA analizi yaklaşımı ve gen ifadesi ölçümü, RHK ile ilişkisi daha önce kanıtlanmış genlerden yola çıkarak yeni hedef genlerin (ATXN3, ABI2 ve GOLGB1) belirlenmesinde akılcı ve ekonomik bir yaklaşım olabilir. Anahtar Kelimeler: ceRNA; Epigenetik; miRNA; Onkogen; Renal hücreli karsinom