Türkiye'de şeker pancarı üretim alanlarında enfeksiyon oluşturan beet necrotic yellow vein virus (BNYVV) izolatlarının p31 proteininin moleküler karakterizasyonu

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ondokuz Mayıs Üniversitesi, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Bitki Koruma Anabilim Dalı, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2020

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: MURAT GÜNGÖR

Danışman: Nazlı Dide Kutluk Yılmaz

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Vektör Polymyxa betae ile taşınan ve "rhizomania" hastalığına neden olan Beet necrotic yellow vein virus (BNYVV), şeker pancarı üretim alanlarında sıklıkla rastlanan en tahripkar virüstür. Bu çalışmada, Türkiye'nin farklı coğrafik bölgelerinden elde edilmiş olan ve BNYVV ile bulaşık olduğu bilinen 15 toprak örneği kullanılmıştır. Öncelikle, tuzak bitki testi yöntemine göre BNYVV izolatlarının yeniden çoğaltımı sağlanmıştır. Şeker pancarı köklerinde P. betae'nın varlığı mikroskobik olarak ve RT-PCR ile belirlenmiştir. BNYVV RNA-4'ü tarafından kodlanan P31 proteini, virüsün vektörle etkili taşınması ve virülensi ile ilişkilidir. Bu çalışmada, 10 BNYVV izolatının P31 gen bölgesinin nükleotit dizileri elde edilmiştir. Bu izolatların Dünya izolatları ile BLAST analizi ve elde edilen filogenetik ağaç, izolatları; Grup II ve Grup III olmak üzere iki farklı P31 grubuna ayırmıştır. Grup II'de sadece IGDR-6 izolatı yer almış, Kas2 izolatı (Kazakistan) ile yüksek nükleotit benzerliğine (%99.76) sahip olduğu belirlenmiştir. GZNP-27, ELZG-44, SMSN-61, EDRN-125, BRSA-148, CNKL-150, KSTM-281, KYSR-524 ve ANKR-617 izolatları ise Grup III'de yer almış, IV4 izolatı (İtalya) ile en yüksek benzerlik (%99.88-%100) göstermişlerdir. Ayrıca, 15 BNYVV izolatı virüsün sistemik konukçusu Nicotiana benthamiana'ya mekanik olarak inokule edilmiştir. Şiddetli (cücelik ve mozayik) ya da zayıf (mozayik) simptom oluşumu gözlenen bu bitkilerin sistemik yapraklarından RNA izolasyonunu takiben, gen spesifik primerler kullanılarak RT-PCR çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmalar sonucunda; 15 BNYVV izolatı ile enfekteli N. Benthamiana'da P31 geni ile ilgili bölge saptanmasına rağmen, kılıf proteini bölgesi 10 izolatta, P25 gen bölgesi 1 izolatta, P26 gen bölgesi ise 4 izolatta belirlenmiştir. Bu sonuç, N. benthamiana'da BNYVV'nin simptom oluşumunda P31 geninin rol oynadığını desteklemiş, P25 ve P26 gen bölgelerinin ise bazı izolatlarda virüsün replikasyonu esnasında tespit edilemediğini göstermiştir.