BldG ve CcaR regülatör proteinlerinin Streptomyces clavuligerus'ta tunikamisin biyosentezi üzerine etkileri
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ondokuz Mayıs Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2016
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: LOKMAN BAŞ
Danışman: Aslıhan Kurt Kızıldoğan
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bir nükleozit antibiyotiği olan tunikamisin yapısal olarak diğer antibiyotiklerden oldukça farklı olup urasil, N-asetilglukozamin (GlcNAc), tunikamin adı verilen 11 karbonlu aminoaldoz şeker ve farklı uzunlukta N-açil yan zircirlerden oluşmaktadır. Tunikamisin bakteri hücre duvarı sentezinin peptidoglikan öncülü lipit I' in oluşumunu hedef aldığı bilinen ilk nükleozit tipi antibiyotik olup aynı zamanda ökaryotlarda erken ara ürün olan dolisilpirofosforil-N-asetilglukozaminin oluşumunu bloke eden protein N-glikolizasyon inhibitörüdür. Dolayısı ile protein glikolizasyonunu ve bakteri peptidoglikan biyosentezini inhibe etmesi bakımından oldukça önemli bir antibiyotiktir. Bu çalışmada, Streptomyces clavuligerus (S. clavuligerus)'ta tunikamisin biyosentezinde rol oynayan düzenleyici mekanizmaların belirlenmesi amacı ile pleiotropik bldG ve yolakta konumlanmış ccaR regülatör genlerinin tunikamisin biyosentezi üzerindeki etkileri araştırılmıştır. bldG ve ccaR genlerinin hücrede yok edilmesinin veya bu genlerin hücrede çoklu ifadeleri/kromozoma entegrasyonlarının tunikamisin biyosentezi ve üretimi üzerindeki muhtemel etkileri bunlara ait vektör kontrolleri ve yabanıl suş ile kıyaslanarak belirlenmiştir. Sadece bldG geninin çoklu kopyasını içeren S. clavuligerus LB1 ve tek kopyasının kromozoma entegre olduğu S. clavuligerus LB2 rekombinant suşları bu çalışmada oluşturulmuştur. Kullanılan diğer manipüle suşlar ise daha önceki çalışmalardan elde edilmiştir. Tunikamisin gen kümesinin ekspresyonunda meydana gelen değişmeler qRT-PCR yöntemi ile tespit edilmiş, kontrol ve manipüle S. clavuligerus suşlarının tunikamisin üretimleri ise biyoassay ve HPLC yöntemleri ile karşılaştırılmıştır. Sonuçlar ışığında, genel anlamda bldG regülatör geninin tunikamisin gen ifadeleri üzerinde negatif bir düzenlenmeyle alakalı bir rol üstleniyor olabileceği, ccaR regülatör geninin ise tunikamisin gen ifadesi üzerinde pozitif bir etkiye sahip olma potansiyeli taşıdığı fikrine varılmıştır.