Yersinia ruckeri izolatlarının genotiplendirilmesinde RCR tabanlı DNA fingerprinting tekniklerinin karşılaştırmalı analizi

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ondokuz Mayıs Üniversitesi, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Su Ürünleri Hastalıkları Anabilim Dalı, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2019

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: SEDA KÖSTERELİ

Danışman: Ertan Emek Onuk

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Amaç: Bu çalışmanın amacı, Türkiye'nin farklı coğrafi bölgelerinden elde edilmiş olan Y. ruckeri izolatlarını tiplendirilmesinde farklı PCR tabanlı DNA fingerprinting metotlarını değerlendirmektir. Materyal ve Metot: Gökkuşağı alabalıklarından izole edilmiş on sekiz Y. ruckeri izolatı ERIC2 primerinin kullanıldığı enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC) PCR metodu, P5, P6 ve M13 primerlerinin kullanıldığı randomly amplified polymorphic (RAPD) DNA PCR metodu ve (GTG)5 primerinin kullanıldığı (GTG)5 PCR metodu ile karakterize edildi. Bulgular: Test edilen tüm primerlerin doğru bir analiz için kullanılabilir amplifikasyon ürünü oluşturduğu belirlendi. Kluster ve ayrım gücü analizi sonuçlarına göre, Y ruckeri'nin moleküler tiplendirmesi için en uygun primerin ERIC2 primeri olduğu, bunu P5, P6, M13 ve (GTG) 5 primerinin takip ettiği belirlendi. Sonuç: ERIC PCR DNA fingerprinting metodu Y. ruckeri'nin epidemiyolojik sürveyansının belirlenmesinde güçlü bir genotipik araç olarak düşünülebileceği sonucuna ulaşılmıştır. Anahtar Kelimeler: ERIC-PCR; (GTG)5-PCR; Moleküler tiplendirme; RAPD-PCR; Y. ruckeri