Yerli infeksiyöz pankreatik nekrozis virüs (IPNV) izolatlarının moleküler karakterizasyonu ve patojenite denemeleri

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Ondokuz Mayıs Üniversitesi, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Viroloji Anabilim Dalı, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2018

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: YÜKSEL DURMAZ

Danışman: Harun Albayrak

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Amaç: İnfeksiyoz Pankreatik Nekrozis Virüsü (IPNV; Birnaviridae, Aquabirnavirus) balıklarda İnfeksiyoz Pankreatik Nekrozis (IPN) hastalığını oluşturmaktadır. IPN hastalığı ülkemizde kültürü yapılan gökkuşağı alabalıkları ve kuluçkahanelerinde oldukça yaygın olarak görülmektedir. Bu çalışmada; Türkiye'de gökkuşağı alabalığı çiftliklerinden ve denizde yaşayan kalkan balıklarından izole edilen IPNV suşlarının moleküler karakterizasyonu ve genogruplarının belirlenmesi ile genomik farklılıkların patojenite üzerine etkilerinin olup olmadığının araştırılması amaçlanmıştır. Materyal ve Metot: IPNV izolatları RTG-2 hücre kültürlerinde üretildi ve hücre lizatlarından virüsün VP1, VP2, VP3, VP4 ve VP5 genleri tam uzunlukta amplifiye edildi. Genlerin sekansları yapıldı. IPNV Almus, Hah-4, Hatay07 ve Uşak05 izolatları ile 0,48 gram ağırlıktaki gökkuşağı alabalıklarında immersiyon yöntemi ile deneysel enfeksiyon oluşturuldu. Deneysel enfeksiyon sırasında ölen ve öldürülen balıklarda realtime PCR metodu ile IPNV viral nükleik asit varlığı ve miktarı araştırıldı. Bulgular: İncelenen izolatlarda filogenetik analizler ile % 93,5 ile % 99,8 oranında genetik benzerlik saptandı. Deneysel enfeksiyon sonucunda mortalite oranı; kontrol grubunda % 1,53, Hah-4 ve Hatay07 izolatlarında % 1,42 Almus izolatında % 2,85 olarak gerçekleşti. Uşak05 izolatında ise ölüm gerçekleşmedi. rRT PCR testi sonucunda ölen\öldürülen balık örneklerinde 1,213x106-1,961x102/µl arasında viral kopya sayısı tespit edildi. Balık organ örneklerinde en yoğun CT değeri 21,75 olarak kaydedildi. Hastalığa spesfik klinik belirti veya işaret enfekte edilen, ölen ve öldürülen balıklarda gözlemlenmedi. Sonuç: Türkiye izolatlarının A2 serotipi ve genogrup 5 içinde olduğu, avirülent oldukları ve gökkuşağı alabalığı frylarında persiste enfeksiyon oluşturudukları belirlendi. Filogenetik analiz sonuçlarına göre Fransa, İspanya ve İran suşları ile yakın ilişkili oldukları görüldü. Anahtar Kelimeler: İPNV; Moleküler karakterizasyon; Patojenite denemeleri; RT-PCR;