Dr. Öğr. Üyesi Tuğrul Doruk

Metrikler

Yayın

Yayın (WoS)

Yayın (Scopus)

Atıf (WoS)

H-İndeks (WoS)

Atıf (Scopus)

162

H-İndeks (Scopus)

Atıf (Scholar)

H-İndeks (Scholar)

Proje

Tez Danışmanlığı

Açık Erişim

BM Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları

Eğitim Bilgileri

2005 - 2013

Doktora

Gebze Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Moleküler Biyoloji Ve Genetik (Dr), Türkiye

2002 - 2005

Yüksek Lisans

Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü, Mühendislik Ve Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji (Yl) (Tezli), Türkiye

1997 - 2001

Lisans

Mersin Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Türkiye

Yaptığı Tezler

2013

Doktora

Bacıllus thuringiensis subsp. Israelensis’xxin biyoinsektisid (endotoksin) üretme kapasitesinin arttırılması amacıyla fosfat metabolizmasının değiştirilmesi

Gebze Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Moleküler Biyoloji Ve Genetik (Dr)

2005

Yüksek Lisans

Sivrisinek mücadelesinde sivrisinek larvalarına karşı kullanılabilecek mikroorganizmaların izolasyonu ve etkinliklerinin incelenmesi

Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü, Mühendislik Ve Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji (Yl) (Tezli)

Araştırma Alanları

Avesis Araştırma Alanları: Yaşam Bilimleri, Biyoinformatik, Biyoteknoloji, Mikrobiyoloji, Moleküler Biyoloji ve Genetik, Temel Bilimler

WoS Araştırma Alanları: Temel Bilimler (Sci), Doğa Bilimleri Genel, Çok Disiplinli Bilimler

Scopus Araştırma Alanları: Multidisipliner

Akademik Faaliyetlere Dayalı Araştırma Alanları

Avesis Araştırma Alanları

WoS Araştırma Alanları

Scopus Araştırma Alanları

Akademik Ünvanlar / Görevler

2022 - Devam Ediyor

Araştırmacı

Umea Universitet (Umea University)

2018 - Devam Ediyor

Dr. Öğr. Üyesi

Ondokuz Mayıs Üniversitesi, Fen Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü

2002 - 2018

Araştırma Görevlisi

Gebze Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü

Yönetimsel Görevler

2020 - Devam Ediyor

Bölüm Başkan Yardımcısı

Ondokuz Mayıs Üniversitesi

Akademi Dışı Deneyim

2012 - 2014

Doktora sonrası araştırmacı

Umea Üniversitesi/İSVEÇ, Doktora sonrası araştırmacı

Verdiği Dersler

Yüksek Lisans

Moleküler Etkileşim ve Sanal Tarama

Prokaryotik Salgı Sistemleri

Moleküler Mikrobiyoloji

Mikroorganizmalara Gen Transfer Yöntemleri

Gen Klonlamanın Temel Prensipleri

Lisans

Biyoetik

Bitirme Projesi I

Genetik Mühendisliği

Mesleki İngilizce I

Moleküler Biyoloji Laboratuvarı

Bitirme Projesi II

Moleküler Biyoloji

Mesleki İngilizce II

DNA HASARLARI VE ONARIMI

MOLEKÜLER BİYOLOJİ LAB.

Klinik Mikrobiyoloji

Sitogenetik

Yönetilen Tezler

2021

Doktora

Effect of lon protease overexpression on endotoxin production and stress resistance in Bacillus thuringiensis

Tuğrul D. (Danışman)

M.ABDI(Öğrenci)

2019

Yüksek Lisans

Lon proteaz geninin çoklu kopyalarının streptomyces coelıcolor A3(2)'de homolog ifadesi ve Esherichia coli 'de heterolog ifadesi üzerine çalışmalar

Tuğrul D. (Danışman)

H.YILMAZ(Öğrenci)

Makaleler

2024

1. **Effects of Bacillus thuringiensis var. israelensis Strains and Toxins on the Pine Processionary Moth Thaumetopoea wilkinsoni (Lepidoptera: Notodontidae)**

Topkara E., Yanar O., Doruk T., Terzi Y.

BIOLOGY BULLETIN , cilt.51, sa.5, ss.1301-1311, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)

2024

2. Synthesis, XRD, spectroscopic (UV-Vis, IR, EPR) and biological evaluations of cobalt(II)-ciprofloxacin complex as antimicrobial agent: In silico molecular docking and ADME

Aycan T., Öztürk F., Doruk T.

JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE , cilt.1306, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)

2024

3. **A thermostable and acidophilic mannanase from Bacillus mojavensis: its sustainable production using spent coffee grounds, characterization, and application in grape juice processing**

Cilmeli S., Doruk T., Könen-Adıgüzel S., Adıgüzel A. O.

BIOMASS CONVERSION AND BIOREFINERY , cilt.14, sa.3, ss.3811-3825, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)

2023

4. Partial characterization of ss-glucosidase, ss-xylosidase, and a-larabinofuranosidase from Jiangella alba DSM 45237 and their potential in lignocellulose-based biorefining

Aytas Z. G., Tunçer M., Kul C. S., Cilmeli S., Aydin N., Doruk T., et al.

SUSTAINABLE CHEMISTRY AND PHARMACY , cilt.31, 2023 (SCI-Expanded, Scopus)

2022

5. Efficacy of Diptera-targeted Bacillus thuringiensis var. israelensis against the pine processionary moth, Thaumetopoea wilkinsoni (Lepidoptera: Notodontidae)

Yanar O., Topkara E. F., Doruk T.

ARCHIVES OF PHYTOPATHOLOGY AND PLANT PROTECTION , cilt.55, sa.13, ss.1530-1541, 2022 (ESCI, Scopus)

2021

6. Effect of lon Protease Overexpression on Endotoxin Production and Stress Resistance in Bacillus thuringiensis

Barkad M. A., Bayraktar A., Doruk T., Tunca S.

CURRENT MICROBIOLOGY , cilt.78, sa.9, ss.3483-3493, 2021 (SCI-Expanded, Scopus)

2021

7. Polyhydroxyalkanoate accumulation in Streptomyces coelicolor affected by SCO7613 gene region

Demir Oksuz Z., Doruk T., Yağcı N., Tunca Gedik S.

TURKISH JOURNAL OF BIOLOGY , cilt.45, sa.3, ss.275-286, 2021 (SCI-Expanded, Scopus, TRDizin)

2020

8. Synthesis, structural, spectral and antimicrobial activity studies of copper-nalidixic acid complex with 1,10-phenanthroline: DFT and molecular docking

Aycan T., Öztürk F., Doruk T., Demir S., Fidan M., Padaoglu H.

SPECTROCHIMICA ACTA PART A-MOLECULAR AND BIOMOLECULAR SPECTROSCOPY , cilt.241, 2020 (SCI-Expanded, Scopus)

2019

9. Development, Optimization, and Validation of a High Throughput Screening Assay for Identification of Tat and Type II Secretion Inhibitors of Pseudomonas aeruginosa

Massai F., Saleeb M., Doruk T., Elofsson M., Forsberg A.

FRONTIERS IN CELLULAR AND INFECTION MICROBIOLOGY , cilt.9, 2019 (SCI-Expanded, Scopus)

2019

10. Supercritical water oxidation of octol - containing wastewater

Gurbulak E., Yuksel E., Tekbas M., Doruk T., Eyvaz M., Bektas N.

GLOBAL NEST JOURNAL , cilt.21, sa.2, ss.172-179, 2019 (SCI-Expanded, Scopus)

2019

11. Synthesis and characterization of antimicrobial polylactide via ring-opening polymerization and click chemistry methods

Aynali F., DOĞANCI E., Doruk T., SADIKOĞLU H.

POLYMER INTERNATIONAL , cilt.68, sa.3, ss.385-393, 2019 (SCI-Expanded, Scopus)

2018

12. Comparative proteomic analysis of bacillus thuringiensis wild-type and two mutant strains disturbed in polyphosphate homeostasis

Yeşilirmak F., Doruk T., Yilmaz Ş., Tunca Gedik S.

Turkish Journal of Biology , cilt.42, sa.1, ss.87-102, 2018 (SCI-Expanded, Scopus, TRDizin)

2017

13. The Tat substrate SufI is critical for the ability of Yersinia pseudotuberculosis to cause systemic infection

Avican U., Doruk T., östberg Y., Fahlgren A., Forsberg Å.

Infection and Immunity , cilt.85, sa.4, 2017 (SCI-Expanded, Scopus)

2016

14. Naked-eye fluorescent sensor for Cu(II) based on indole conjugate BODIPY dye

Tümay S. O., Okutan E., Sengul I. F., Özcan E., Kandemir H., Doruk T., et al.

Polyhedron , cilt.117, ss.161-171, 2016 (SCI-Expanded, Scopus)

2016

15. High levels of polyphosphate kinase affect not only endotoxin production but also acid tolerance of bacillus thuringiensis

Doruk T., Girgin Ersoy Z., Öncel M. S., Tunca Gedik S.

Turkish Journal of Biology , cilt.40, sa.6, ss.1168-1177, 2016 (SCI-Expanded, Scopus, TRDizin)

2013

16. Overexpression of polyphosphate kinase gene (ppk) increases bioinsecticide production by Bacillus thuringiensis

Doruk T., Avican U., Camci I. Y., Gedik S. T.

Microbiological Research , cilt.168, sa.4, ss.199-203, 2013 (SCI-Expanded, Scopus)

2013

17. An efficient gene deletion system for Bacillus thuringiensis

Doruk T., Gedik S. T.

Biologia (Poland) , cilt.68, sa.3, ss.358-364, 2013 (SCI-Expanded, Scopus)

2012

18. Deletion of polyphosphate kinase gene (ppk) has a stimulatory effect on actinorhodin production by streptomyces coelicolor A3(2)

Yalim Camci I., Doruk T., Avican Ü., Tunca Gedik S.

Turkish Journal of Biology , cilt.36, sa.4, ss.373-380, 2012 (SCI-Expanded, Scopus, TRDizin)

2011

19. Further investigation of the mechanism of Vitreoscilla hemoglobin (VHb) protection from oxidative stress in Escherichia coli

Akbas M. Y., Doruk T., Ozdemir S., Stark B. C.

Biologia , cilt.66, sa.5, ss.735-740, 2011 (SCI-Expanded, Scopus)

Hakemli Bilimsel Toplantılarda Yayımlanmış Bildiriler

2022

1. New Small Molecule Inhibits Pyoverdine Biosynthesis in Pseudomonas aeruginosa

Uyanık E., KUL Ç. S., ÇAĞLAR N., DORUK T.

FEMS Conference on Microbiology 2022, Belgrade, Sırbistan, 30 Haziran - 02 Temmuz 2022, ss.340-341, (Tam Metin Bildiri)

2022

2. Heterelog Expression, Purification and Characterization of Bacillus Mojavensis Th309 Sourced Pectate Lycase Enzyme in E. coli

Aydın N., DORUK T.

9th International Istanbul Scientific Research Congress, İstanbul, Türkiye, 14 - 15 Mayıs 2022, ss.147, (Özet Bildiri)

2022

3. The Effects of PVDM Protein Deprivation on Virulence in Pseudomonas aeruginosa

Kul Ç. S., DORUK T.

9th International Istanbul Scientific Research Congress, İstanbul, Türkiye, 14 - 15 Mayıs 2022, ss.168, (Özet Bildiri)

2022

4. Screening of Potential Cutinase-Producing Clones in Metagenomic Libraries Constructed Using DNA Extracted from Microplastics

ŞEN F., CİLMELİ S., TUNÇER M., DORUK T., KÖNEN ADIGÜZEL S., KIDEYŞ A. E., et al.

2nd International Conference on Applied Engineering and Natural Sciences, Konya, Türkiye, 10 Mart 2022, (Özet Bildiri)

2019

5. Co-Production of Pectinase, Cellulase and Xylanase by Thermophylic Aspergillus sp. 55SZ for Clafication of Fruit Juices.

ÇELİK T., YAĞIZ N., DORUK T., TUNÇER M., ADIGÜZEL A. O.

6th International Conference on Sustainable Agriculture and Environment, Konya, Türkiye, 3 - 05 Ekim 2019, ss.488-491, (Tam Metin Bildiri)

2019

6. Co-Production Of Pectinase, Cellulase And Xylanase By Thermophylic Aspergillus Sp. 55SZ For Clarifıcation Of Fruit Juıces.pp 488-491

ÇELİK T., DORUK T., TUNÇER M., ADIGÜZEL A. O.

6th International Conferance on Sustainable Agriculture and Environment., Konya, Türkiye, 03 Ekim 2019, ss.488-491, (Özet Bildiri)

2019

7. Antimikrobiyal Polilaktik Asit Filmlerin Hazırlanması ve Termal/Mekanik Özelliklerinin İncelenmesi

AYNALI F., DOĞANCI E., DORUK T., ÖZKOÇ G., SADIKOĞLU H.

31. Ulusal Kimya Kongresi, İstanbul, Türkiye, 10 - 13 Eylül 2019, ss.102, (Özet Bildiri)

2018

8. Novel Actinobacteria Strains with Antimicrobial and Antibiofilm Activities Isolated from Various Environmental Samples

ATEŞ H., AY H., DORUK T., ŞAHİN N.

2. Uluslararası UNIDOKAP Karadeniz Sempozyumu, Samsun, Türkiye, 28 - 30 Kasım 2018, (Özet Bildiri)

2018

9. Polyphasic Taxonomy of A Novel Actinomadura sp. 14C53, Isolated from Basaltic Parent Material

ATEŞ H., AY H., DORUK T., ŞAHİN N.

2nd International UNIDOKAP Black Sea Symposium on BIODIVERSİTY, 28 - 30 Kasım 2018, ss.154, (Özet Bildiri)

2018

10. Comparison of Antibiotic Production Profile of Streptomyces coelicolor M145 Δppk andStreptomyces coelicolor A3(2) Δppk

DEMİR Ğ., BAYRAKTAR A., DEMİR ÖKSÜZ Z., DORUK T., TUNCA GEDİK S.

International Eurasian Conference onBiological and Chemical Sciences, Ankara, Türkiye, 26 - 27 Nisan 2018, (Özet Bildiri)

2017

11. Heterologous expression of Streptomyces coelicolor “relA” and “lon” genes in different Escherichia coli mutants

YILMAZ H., CESUR M. F., DEMİR ÖKSÜZ Z., DORUK T., TUNCA GEDİK S.

18th International Symposium on the Biology of Actinomycetes, Jeju, Güney Kore, 23 - 27 Mayıs 2017, (Özet Bildiri)

2015

12. Polifosfat sentezi ve yıkımından sorumlu enzimlerden yoksun Bacillus thuringiensis suşunda endotoksin biyosentezi

YEDEKÇİ A., DORUK T., TUNCA GEDİK S.

Ulusal Biyoteknoloji Kongresi, Türkiye, 18 - 19 Aralık 2015

2015

13. Bacillus thuringiensis te polifosfat metabolizması ve ikincil metabolit üretimi arasındaki ilişki

DORUK T., YILMAZ Ş., DEDE YEŞİLIRMAK F., TUNCA GEDİK S.

Ulusal Biyoteknoloji Kongresi, Türkiye, 18 - 19 Aralık 2015, (Tam Metin Bildiri)

2015

14. Yüksek miktardaki polifosfat sadece endotoksin biyosentezini değil Bacillus thuringiensis in asit direncini de arttırıyor

DORUK T., GİRGİN ERSOY Z., TUNCA GEDİK S.

Ulusal Biyoteknoloji Kongresi, Türkiye, 18 - 19 Aralık 2015, (Tam Metin Bildiri)

2015

15. Lactococcus lactis in Nisin Üretiminin Optimizasyonu

GİRGİN ERSOY Z., DORUK T., TUNCA GEDİK S.

Ulusal Biyoteknoloji Kongresi, Türkiye, 18 - 19 Aralık 2015

2015

16. Role of twin arginine translocation tat substrates in virulence of Yersinia

AVİCAN U., DORUK T., FAHLGREN A., FORSBERG A.

Microbial Pathogenesis and Host Response CSHL, Cold Spring Harbor, New York, Amerika Birleşik Devletleri, 8 - 12 Eylül 2015

Desteklenen Projeler

2020 - 2024

Denizel Ortamlarda Plastiklerin Parçalanma Süreçlerini Hızlandıracak Kütinazların Fonksiyonel Metagenomik Yöntemlerle Keşfi ve Karakterizasyonu

TÜBİTAK Projesi , 3501 - Ulusal Genç Araştırmacı Kariyer Geliştirme Programı

Könen Adıgüzel S., Tunçer M., Kıdeyş A. E., Karahan A., Doruk T., Adıgüzel A. O. (Yürütücü)

2021 - 2022